关于黑客帝国的问题
结尾是尼奥和机器之母达成和平协议，
但还留有悬念，就是和平协议能否真正遵守以及可以维持多长的时间，仍是未知数。这就为拍摄续集埋下了伏笔。
楼主说的很有道理，就是这个意思。
史密斯本来是杀毒软件，可是由于他一直想脱离系统（第一集里他自己亲口说的），为了杀毒以及脱离系统，他不断复制和升级自我，不仅对人类（病毒）而且对系统也造成极大的威胁，如果任其发展，最终系统和人类将完全毁灭，于是双方达成协议，联手消灭史密斯，从而维持整个系统的稳定以及人类的生存。
如果楼主还不明白，可以到百度“黑客帝国”贴吧看看，那里应该有很多楼主想得到的答案。
其实，偶对楼主是相当佩服地，偶看了好几遍都没完全看懂，最后还是借助网上的资料才搞明白，楼主看一遍就猜出了大概，厉害！！！
求助个关于电影黑客帝国的问题
1.为什么没有了人类的控制和操作机器仍然会动呢？那是因为有智能电脑，是智能电脑在操作和控制机器，所以机器城其实是由机器和智能电脑共同组成的，母体也是一个智能电脑，不过也许母体主要是管理虚拟世界里的人类的。
2.尼奥的目的是破坏母体，而史密斯就是要杀死想要破坏母体的人，这就相当于尼欧其实等于一个病毒，而史密斯是一个杀毒软件，杀毒软件是被制造来保护电脑的
3.第一集史密斯被尼奥给干掉了，但是史密斯没有死掉，却自己重组代码，成了一个更厉害的程序，这个程序已经不受控于母体了
4.史密斯变厉害后既然不受控于母体，也就不会再保护母体，那他就等于变成了一个很厉害的病毒，这个病毒既伤害人类，也伤害母体，伤害了母体也就是伤害了机器城，所以他已经成为了人类和机器城的共同敌人。
5.结合上面几点，现在分析一下机器城，人类，史密斯三者之间的关系，①人类的敌人是机器城和史密斯，但是史密斯是母体里的程序，所以只要干掉了母体，史密斯就会被干掉了，所以机器城是人类的主要敌人②机器城的敌人是人类，不过后来又多了个出了问题的程序史密斯，史密斯能从内部破坏掉智能电脑，危害不小于人类，而且可以肯定，一定比人类更快的弄跨了母体，所以史密斯成为了机器城的主要敌人，而且比人类对机器城要恐怖多了很多倍③史密斯的敌人开始是人类，后来重组了自己，等于发了疯，不受母体控制了，但还是很痛恨人类，尤其是打败了他的尼奥，为了报复尼奥，不惜通过一切手段达到目的，就算把母体给毁了也无所谓，这就是所谓了信仰缺失了，疯狗一样，无目标，无目的。
6.第三集的最后时刻，机器城已经能很轻易的把人类毁灭了，所以人类已经不是威胁，尼奥跑到了机器城总部去，机器城要杀死这个所谓了救世主就像捏死个蚂蚁一样简单，但是尼奥却还是跑去了，为什么呢？因为只有尼奥才能杀死史密斯，除了尼奥，就算是母体自己都不能拿这个出了问题的程序怎么样，所以尼奥和机器城的总BOSS达成了协议，你让我们人类活，我就帮你干掉史密斯，让你也能继续活下去，大家一起活，都有好处，而且以后大家谁都不打谁。所以可以说史密斯间接起到了个拯救人类的作用，因为他成了尼奥和机器城谈判的筹码。
7.为什么只有尼奥能打败史密斯.史密斯既然已经重组,不受母体控制,即是母体不能删除他了,而且史密斯还能无限自己复制自己,那堆史密斯是一体的,我既是你,你既是我,只有所有的史密斯一起挂了,史密斯才会死掉,除了史密斯自己愿意,否着谁都干不掉他,那尼奥凭什么去杀史密斯呢,那就是让尼奥也成为史密斯!影片的最后,尼奥被史密斯变成了史密斯,成为了一堆史密斯中的一个,但是这个尼奥版史密斯却还有自己的意识,他通过自毁来杀掉了史密斯,这就是尼奥的与众不同之处,这也许就是他之所以为救世主的特殊能力吧--不会迷失了自己!(试想一下,如果你的电脑的杀毒软件有一天突然失控了,成为一个损害你系统的特大号病毒,你的系统会怎么样,你知道你的杀毒软件有多么打的权限吗!)
8.我现在还不知道机器城的总BOSS智能电脑是不是就是母体本身,如果是,那如果史密斯破坏了母体就等于机器城瘫痪了,没有了指挥机器的总芯片,总系统,也就没有了机器城,如果不是,那母体就只是机器城里管理人类的一个分系统,但也是机器城的能源系统(因为机器城需要人类身体产生的能量,要不干嘛要养着这群吃干饭的人),没有了母体,就等于没有了能量,那机器城还是废了,所以机器城需要保护母体.就算不杀害人类也要保护.
9.万物之源是什么东西.万物之源是母体里的总程序,是它制造了各种各样的子程序,这些子程序构成了一个虚拟的世界,比如,风是一个子程序，水是一个子程序，火一个子程序，太阳是一个子程序，月亮也是一个子程序，等,形成了各种物体,所有的程序组合起来有规律的运动就成了一个虚拟的世界.因为这些程序都是由这个总程序做出来的,所以叫它"万物之源".
10.所谓的真实世界是不是也是虚拟的.真实世界的外面是不是还有真实的世界.
我个人认为真实世界是真实的,不是虚拟的,第二集的最后,万物之源处,该BOSS说,锡安已经被毁灭了5次,母体也已经重组了5次,还要尼奥做出选择,是走左边的门去救他女朋友还是去右边的门从母体里选择16女7男重建锡安,很多人只知道锡安已经被毁了5次,所以说真实世界其实也是虚拟的,但没观察到全局,万物之源的意思是它前前后后一共重组过6个母体,其中5个已经被新的取代了,它之所以每次都留下一些人去重组锡安,是因为它需要一些不是活在母体里的真实世界的人来观察人类,然后再从根据观察到的资料重组母体,让母体尽可能的能虚拟真实世界.
黑客帝国什么意思？
其实不懂计算机——尤其是不懂虚拟机的人很难理解黑客帝国核心的东西。黑客帝国其实至少是四重世界（电影里只看到了两重，另外两重是推理出来的）——最顶层的是那个男主角Neo可以满天飞的世界，谁都能看出来这是个虚拟机，而Neo作为一个病毒，获得了虚拟系统中的特权（可以满天飞，还贼能打～）。而运行这个虚拟机的是很多观众认为的“现实世界”——锡安，但从Neo后来可以在锡安中发挥超能力干掉“大章鱼”来看，这其实还是在计算机里，Neo这些虚拟机中的病毒穿透了虚拟机，来到了运行虚拟机的系统中，并再次获得了特权。但三部“黑客帝国”的大结局却出人意料，那个疑似“上帝”的家伙说Neo已经不是第一次这么做了，而大家认为是“现实世界”的锡安也被干掉好几次了，每次都是通过一个类似于重做系统的方式重新恢复的。我们知道，一个承担如此重任的计算机系统（要装下一个世界的系统……）是不能随便说重做就重做的，那唯一的解释是——锡安不仅依然是在计算机中，而且依然是一个虚拟机！那么后两重世界就很容易推理的，需要有一个真实的计算机来运行“锡安”这个虚拟机，而这个真实计算机外面还有一个真正的“现实世界”。所以我强烈推荐，如果你有兴趣可以带着虚拟机的概念再把黑客帝国看一遍
《黑客帝国》是如何揭开新世界？
《黑客帝国》第一代的Matrix，是一个完美的乐园，如同希腊神话中的黄金时代，
或者圣经中的伊甸园。然而这个世界实在太过于幸福了，以至于所有人都
察觉这是一场梦幻——这导致了系统崩溃。
从第二代开始，Matrix被设计成模拟人类21世纪的历史，也就是
你我眼前的现状。
请教一下黑客帝国的一些问题
事实上子宫发展到一定程度就会产生一些消耗自身的错误程序，病毒等，像是史密斯探员一样，他在2里复活了也成了这样的“冗余代码”，并自行修正，获得了复制自身的能力——跟电脑病毒一样，他可以通过接触其他ID复制自己。
而3里面会解释为什么，消灭了锡安6次，还会有一些起义军存在。尼奥最终见到的就是源程序里的虚拟系统构架师。构架师告诉他，锡安的存在就是子宫故意留下，进行自己系统升级的一个工具。
而尼奥的存在超过了子宫之前设定的限度，可以说尼奥的存在对子宫是一种强大的威胁，这也是为什么先知说尼奥是救世主。
人类是存在的，那些提供给子宫生物电能的都是人类，而尼奥不论是被别人赋予了救世主的身份，还是靠自己的主观能动性，他都成为了子宫强大的对手，是因为他了解了子宫的秘密。所以才会作出那么多惊人的举动～～
黑客帝国中母体到底是造物者创造的还是人类创造的？不是说是人类创造他的吗？
人类创造机器，机器和人类发生战争，人类烧焦了天空阻断了机器的能量来源——太阳能，机器以人类为能量来源，为了安置这些人类建立了矩阵，造物主可以理解为矩阵这个巨大的程序（or网络）的编写者、管理员，其本质是机器产生的程序，而真实世界就是在那一通机器和人类的大战中幸存下来或者从矩阵中被解救出来的人在地底下建立的一个难民营，他们靠地热能生存
《黑客帝国》中，史密斯为何说这是一个圈套?
因为在《黑客帝国》中，这一切都是母体设计好的，而人类不过是实验体而已，这就是母体所谋划的圈套。
黑客帝国说的是什么？
人类发明了AI（人工智能），大家都懂得，人什么人都有，有些人制造了病毒程序，然后因为种种原因，这些病毒程序失去了控制（比如编写者死亡或病毒升级），然后他们流亡在网络环境里，逐渐控制了机械，然后依靠机械同 人类展开战争，最终人类失败，遮盖了天空，妄图以此来断绝机器的能源来源（太阳能），然而机器发现人体可以供电，便批量“栽植”了大量人类，用生命素供给人体所需的营养，然后把人的“灵魂”囚禁在一个名为母体的高逼真的“电脑游戏”里，让他们在那里“生活”以保持人体的活性。
以上是电影的背景。
如果电影只有第一部，那么到此为止，然而出了第二部和第三部之后，事情就没有这么简单了。
一个很明显的事实是，莫菲斯所在的“世界”绝对不是2199年，不然六代救世主的出现在时间上无法成立，除非涉及到时间流的问题。电脑用人体来发电显然也只是一个谎言，至少AI构造母体的目的绝对不是仅仅为了发电而已。从建筑师的话里可以看到，AI对人类有着极大的兴趣，他们通过人类的自我解救行动（锡安）引导出一批反抗者（黑客），依靠他们的智慧对母体的漏洞进行发掘，然后AI对自身进行修补和升级，他们需要的是人类所特有的创造能力。
身上有插孔的是从母体中“苏醒”来的人类，插孔是为了让大脑深层的接入母体中，没有插孔的是所谓在锡安中出生的人类。史密斯在母体怎么让人死亡多看几遍第一集就懂了，很容易理解。尼欧是程序，这个不理解的地方是程序如何会到“现实世界”中去吧？尼欧是程序这是毫无疑问的，至少他不是完整意义上的人类，解释这个问题，就要引出两个假说，这也是黑客帝国中争论最大的一个问题：锡安是真是假？如果说锡安是真的，那么只能用AI通过电子信号植入人的大脑对人脑进行改造，然而人脑不是硬盘，它的复杂绝对不是这么简单就可以覆盖和控制的，如果AI能够做到这一点，那么他们至少要破解人脑绝大部分的奥秘，然而如果能够做到这一点，AI还需要去了解人类，并且依靠人类对他进行自我升级吗？显然这就没有必要了，也就是说这个假说如果成立的话母体根本就没有存在的必要；所以黑客的主流都比较倾向于第二种假说，母体也是假的，也是虚拟世界，这个看过《盗梦空间》的人很好理解，就是所谓的第二层梦境，在梦中醒来。当然，这一假说也有一些漏洞，但个人感觉至少比前一种更说得通。
那么有没有第三种假说？有，那就是被解放的人类根本就不是在梦中苏醒，而是他们的身体根本就不存在，所有的人和物，母体，锡安，飞船，救世主，跟史密斯一样都只是0和1组成的一堆符号而已，整个电影世界也只是某人电脑硬盘中的一个单机游戏。也许有人会说这样的话电影的存在就没有意义了，然而我个人认为恰恰相反。西方有句很流行的话叫做“人类一思考，上帝就发笑”，意思是在上帝面前人类非常之渺小，其实现实也是如此，地球近乎于苛刻到完美的平衡造就了人类的存在，他的任何一点细微的波动对人类来说都是一场灾难，放眼在宇宙中，更是如此，甚至于有人根据人类生存条件的苛刻到近乎于完美的要求不可能存在而推论出人类的存在为假，不过个人对此观点持保留意见，毕竟思维不是为了让自己沉迷。